Der Schwerpunkt der Verbreitung liegt in den warmen Tieflandlagen Ostösterreichs und dort besonders in den städtischen Ballungsräumen. Die Art ist an mehr oder weniger trockene Standorte gebunden und besiedelt vor allem Ruderalfluren, Bahnanlagen, Straßenränder und Verkehrsinseln. Die Pflanze ist gut an Schnitt und Trittbelastung angepasst. Städte sind Wärmeinseln und bieten eine Vielzahl adäquater Standorte, sie sind daher für die Mäuse-Gerste ein besonders geeignetes Habitat. In der Literatur wird die Art daher auch als „urbanophil“ bezeichnet. Vorkommen gibt es auch außerhalb der Städte, insbesondere entlang von Feldrändern oder auf Ödland.

In Äckern hat die Art als Unkraut keine wirtschaftliche Bedeutung. Die Mäuse-Gerste wird häufig als „Unkraut“ angesehen, da sie gerne Ruderalfluren besiedelt, die als „ungepflegt“ wahrgenommen werden.

Die Mäuse-Gerste kann jedoch aufgrund ihrer natürlichen Ausbreitungsstrategie problematisch für Tiere sein. Die reifen Samen haben Widerhaken und bleiben im Vorbeigehen an Kleidung oder Schuhen, aber auch am Fell (Ohren, Augen) von Tieren hängen. Bei Tieren kommt es dadurch zu einem Juckreiz, dem sie durch Kratzen oder Wälzen entgegenwirken. Dies kann jedoch dazu führen, dass die Samen tiefer ins Fell oder in die Augen gelangen, was schlussendlich zu schmerzhaften Entzündungen führen kann.

Tiere sollten nach dem Aufenthalt im Freien bzw. dem Spaziergang in den Sommermonaten gründlich abgesucht werden.