Mit April 2021 wurde das COVID-WGS-Surveillance System Sentinel-Labore eingeführt. Ziel des Projekts ist es, einen Überblick über die aktuelle Situation in Österreich betreffend die Mutationen beziehungsweise Varianten von SARS-CoV-2 zu bekommen. Dazu wurden landesweit stichprobenartig SARS-CoV-2 positive Proben ausgewählt und einer Ganzgenomsequenzierung unterzogen.

Für dieses Projekt wurde pro Bundesland je ein Labor ausgewählt und zum Sentinel-Labor ernannt. Zusätzlich wurde ein zehntes Labor damit beauftragt, ausschließlich positive Proben von Besuchern des Flughafen Wien einzusenden.

Pro Woche werden von den ausgewählten Laboratorien die ersten zehn positiven SARS-CoV-2 Rückstellproben an die AGES Wien versandt. Die Proben werden am Institut für medizinische Mikrobiologie und Hygiene der AGES Wien, Standort Währinger Straße, gesammelt, deren RNA eluiert und einmal wöchentlich an das Forschungszentrum für Molekulare Medizin (CeMM) der Österreichischen Akademie der Wissenschaften zur Ganzgenomsequenzierung versandt. Anschließend werden die Ergebnisse an die AGES übermittelt, ausgewertet und in Form eines Wochen- bzw. Monatsberichts veröffentlicht.